1400년(정종 2) 왕위 계승을 둘러싸고 일어난 왕자 간의 싸움으로 이방간(李芳幹, 1364~ 1421)이 제거되었다. 이에 이방원이 세자에 책봉되었고, 11월에 정종으로부터 선위를 받아 수창궁(壽昌宮)에서 즉위하니, 조선 왕조 제3대 태종이다.
제2차 왕자의 난은 왕위 계승을 둘러싼 왕자들 간의 싸움이었기 때문에 정치적 세력관계는 크게 변화하지 않았고, 사회적인 영향력도 거의 없었다. 따라서 이방원은 제1차 왕자의 난 이후 추진하던 병권 집중과 중앙집권체제의 강화를 위한 제도 개혁을 계속 추진해 나갔다.
제도 개혁의 결과 사병이 혁파되고, 도평의사사(都評議使司)가 폐지되고 의정부가 설립되었다. 또한 승정원을 따로 두어 왕명의 출납을 관장하게 하였다. 결국 제2차 왕자의 난은 이방원의 왕위 계승을 촉진하고, 태종 때의 왕권 강화 기반을 조성한 일련의 제도개혁을 가능하게 한 촉진제가 되었다.
제2차 왕자의 난